Natriumhypochloritgenerator kan bruges til sekundær vandforsyningsbehandling

Hvornår  natriumhypochlorit  kommer i kontakt med vand, hydrolyseres det og danner hypochlorit- og hypochloritioner. Blandt dem har hypochlorit stærke oxiderende egenskaber og kan ødelægge protein og andre enzymsystemer af bakterier (vira) og derved dræbe patogene mikroorganismer. Kontinuerlig desinfektionseffekt med resterende klor, enkel betjening, sikrere og mere bekvem end flydende klor og billigere end blegepulver.

Sammenlignet med klorgasdesinfektion har natriumhypochlorit lavere sikkerhedsrisici, udgør ingen lækagefare for menneskers sikkerhed og producerer ikke giftige eller skadelige biprodukter. Undersøgelser har vist, at under natriumhypokloritdesinfektion er dichloreddikesyre (DCAA) i fabriksvandet lavere end ved desinfektion med flydende klor, mens trichloreddikesyre (TCAA) som udgangspunkt er ækvivalent. Når natriumhypochlorit bruges til desinfektion, er trihalomethaner (THM'er) i fabriksvandet lavere end flydende klor, og carbontetrachlorid (CCl4) svarer stort set til de to. Samlet set er mængden af ​​natriumhypokloritdesinfektionsbiprodukter lavere end for flydende klor.